Informacije o projektu
- Financiranje: ARIS manjši temeljni raziskovalni projekt (vodilni raziskovalec)
- Trajanje: 1. 7. 2024 - 30. 6. 2027
- Spletna stran: https://lgm.fri.uni-lj.si/research/vivid-cell/
Opis
Razumevanje notranje arhitekture živih celic je temeljnega pomena za biologijo in medicino, vendar vizualizacija znotrajceličnih struktur ostaja velik izziv. Projekt VIVID-CELL razvija nove metode vizualizacije, ki brezhibno združujejo resnične podatke elektronske mikroskopije s proceduralno generiranimi modeli znotrajceličnih struktur, s čimer premošča dve predhodno ločeni vizualizacijski domeni.
Volumetrični podatki, pridobljeni z mikroskopijo FIB-SEM, razkrivajo fine strukturne podrobnosti posameznih organelov, medtem ko proceduralni modeli — zgrajeni na osnovi formalnih bioloških opisov — omogočajo fleksibilne, večnivojske predstavitve kompleksnih znotrajceličnih okolij. VIVID-CELL ustvarja enoten okvir, v katerem uporabniki določijo, kateri vidiki resničnih in generiranih podatkov so vizualizirani ter kako medsebojno delujejo, pri čemer podpira širok razpon vizualizacijske lestvice od posameznih organelov (nanometri) do več celic (mikrometri).
Projekt se osredotoča na razvoj vizualnih modelov za ključne organele, vključno z mitohondriji, citosolicom, Golgijevim aparatom, lizosomi in fusiformnimi vezikli. Ti modeli so vrednoteni v primerjavi z najsodobnejšimi metodami in validirani z uporabo resničnih mikroskopskih podatkov celic mehurja. Vse razvite metode so usmerjene v delovanje v realnem času znotraj spletnih brskalnikov.
Publikacije
- Mena, O., Šmajdek, U., Zhang, W., Yu, P., Klein, T., Arold, S., Li, S., Viola, I., & Bohak, C. (2026). Coleborative online cryoET reconstruction, segmentation and visualization pipeline. V Visualizing biological data : VIZBI : the 16th International Meeting on Visualizing Biological Data : 14–17 April in Cambridge, UK (str. 1).
- Šmajdek, U., Boneš, E., & Bohak, C. (2025). GPU-based collocation visualization of immune niches in 3D cyclic immunofluorescence images. V Bio+MedVis Challenge @ IEEE VIS 2025 : November 2, 2025, [Vienna, Austria] (str. 1-2).
- Hudoklin, S., Humbel, B.M., Liang, F.X., Žerovnik Mekuč, M., Bohak, C., Marolt, M., Zaveršek, T., & Romih, R. (2025). Volume electron microscopy of intracellular compartments in the urinary bladder epithelium. V 17th Multinational Congress on Microscopy : 17MCM : Portorož, Slovenija, 7–12 september, 2025 : knjiga povzetkov (str. 154-155).
- Drašček, M., Bohak, C., Marolt, M., & Lesar, Ž. (2025). Radiance probes for global illumination in volume rendering. V Zbornik štiriintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2025 : Portorož, Slovenija, 25.–26. september 2025 (str. 345-348).
- Pristavnik Vrešnjak, M., Lesar, Ž., & Bohak, C. (2025). Pattern generation with neural cellular automata. V Zbornik štiriintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2025 : Portorož, Slovenija, 25.–26. september 2025 (str. 370-373).
- Mažgon, E., Bohak, C., Marolt, M., & Lesar, Ž. (2025). Wood log reconstruction from Gaussian representations. V Zbornik štiriintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2025 : Portorož, Slovenija, 25.–26. september 2025 (str. 378-381).
- Bulić, B. & Bohak, C. (2025). Learned laplacian-driven 3D mesh segmentation. V Zbornik štiriintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2025 : Portorož, Slovenija, 25.–26. september 2025 (str. 349-352).
- Boneš, E., Khan, D., Bohak, C., Barad, B.A., Grotjahn, D.A., Viola, I., & Theußl, T. (2025). MidSurfer : a parameter-free approach for mid-surface extraction from segmented volumetric data. IEEE Computer Graphics and Applications, vol. 45(1). DOI: 10.1109/MCG.2025.3624572
- Colnar, B., Marolt, M., Bohak, C., & Lesar, Ž. (2024). Comparison of null-collision radiance estimators in light transport. V Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26.–27. september 2024 (str. 419-422).
- Kurtagić, A., Marolt, M., Lesar, Ž., & Bohak, C. (2024). Continuous spectral volume rendering. V Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26.–27. september 2024 (str. 411-414).
- Jezeršek, J., Marolt, M., Lesar, Ž., & Bohak, C. (2024). Diskretizirano spektralno upodabljanje volumetričnih podatkov. V Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26.–27. september 2024 (str. 415-418).
- Kristan, A., Marolt, M., Bohak, C., & Lesar, Ž. (2024). Neural-network-based volume compression. V Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26.–27. september 2024 (str. 452-455).