Zbirka podatkovnih zbirk, interaktivnih spletnih orodij, študijskih gradiv in odprtokodnih projektov, ki so namenjeni pedagoškemu delu in raziskovanju.
Podatkovne zbirke in raziskovalni podatki
UroCell podatkovna zbirka
Volumetrični podatki, pridobljeni z vrstično elektronsko mikroskopijo z usmerjenim ionskim snopom (FIB-SEM), in pripadajoče označbe visoke ločljivosti za celične organele (mitohondrije, endolizosome in Golgijev aparat). Zbirka se uporablja za učenje in primerjavo modelov globokega učenja za segmentacijo celičnih organelov.
- Povezava do projekta: GitHub repozitorij
- Pripadajoče objave:
- Žerovnik Mekuč, M., Bohak, C., Hudoklin, S., Kim, B.H., Romih, R., Kim, M.Y., & Marolt, M. (2020). Automatic segmentation of mitochondria and endolysosomes in volumetric electron microscopy data. Comput. Biol. Medicine, 119, 103693.
@article{DBLP:journals/cbm/MekucBHKRKM20, author = {Manca Zerovnik Mekuc and Ciril Bohak and Samo Hudoklin and Byeong Hak Kim and Rok Romih and Min Young Kim and Matija Marolt}, title = {Automatic segmentation of mitochondria and endolysosomes in volumetric electron microscopy data}, journal = {Comput. Biol. Medicine}, volume = {119}, pages = {103693}, year = {2020}, url = {https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2020.103693}, doi = {10.1016/j.compbiomed.2020.103693}, pdf = {https://lgm.fri.uni-lj.si/wp-content/uploads/2022/06/1538555331.pdf}, } - Žerovnik Mekuč, M., Bohak, C., Boneš, E., Hudoklin, S., Romih, R., & Marolt, M. (2022). Automatic segmentation and reconstruction of intracellular compartments in volumetric electron microscopy data. Comput. Methods Programs Biomed., 223, 106959.
@article{DBLP:journals/cmpb/MekucBBHRM22, author = {Manca Zerovnik Mekuc and Ciril Bohak and Eva Bones and Samo Hudoklin and Rok Romih and Matija Marolt}, title = {Automatic segmentation and reconstruction of intracellular compartments in volumetric electron microscopy data}, journal = {Comput. Methods Programs Biomed.}, volume = {223}, pages = {106959}, year = {2022}, url = {https://doi.org/10.1016/j.cmpb.2022.106959}, doi = {10.1016/j.cmpb.2022.106959}, pdf = {https://lgm.fri.uni-lj.si/wp-content/uploads/2022/06/112962819.pdf}, }
Psihološke mere samoregulacije e-učenja, 2020 : glavna raziskava
Podatkovna datoteka in tabele glavne raziskave o učinkovitosti različnih vrst učnih opor pri samoregulaciji e-učenja.
- Navedba: Katja Depolli Steiner, Luka Komidar, Sonja Pečjak, Tina Pirc, Anja Podlesek, Melita Puklek Levpušček, Alenka Gril, Ciril Bohak, Alenka Kavčič, Žiga Lesar, Matija Marolt, Matevž Pesek, Bojana Boh Podgornik, Aleš Hladnik, Cirila Peklaj. Psihološke mere samoregulacije e-učenja, 2020 : glavna raziskava [podatkovna datoteka]. Ljubljana: Univerza v Ljubljani, Arhiv družboslovnih podatkov, 2023.
- Projekt: J5-9437: “Učinkovitost različnih vrst učnih opor pri samoregulaciji e-učenja” (financer: ARRS/ARIS).
- DOI: 10.17898/ADP_PMSEUG20_V1
@misc{ADP_PMSEUG20_V1,
author = {Depolli Steiner, Katja and Komidar, Luka and Pe\v{c}jak, Sonja and Pirc, Tina and Podlesek, Anja and Puklek Levpu\v{s}\v{c}ek, Melita and Gril, Alenka and Bohak, Ciril and Kav\v{c}ič, Alenka and Lesar, \v{Z}iga and Marolt, Matija and Pesek, Matev\v{z} and Boh Podgornik, Bojana and Hladnik, Ale\v{s} and Peklaj, Cirila},
title = {Psiholo\v{s}ke mere samoregulacije e-u\v{c}enja, 2020 : glavna raziskava [podatkovna datoteka]},
year = {2023},
publisher = {Ljubljana: Univerza v Ljubljani, Arhiv dru\v{z}boslovnih podatkov},
doi = {10.17898/ADP_PMSEUG20_V1},
url = {https://doi.org/10.17898/ADP_PMSEUG20_V1}
}Preverjanje instrumentov za ugotavljanje individualnih razlik pri samoregulaciji učenja, 2019 : pilotna raziskava
Podatkovna zbirka pilotne raziskave za preverjanje instrumentov za ugotavljanje osebnostnih in individualnih razlik pri samoregulaciji učenja.
- Navedba: Katja Depolli Steiner, Luka Komidar, Sonja Pečjak, Tina Pirc, Anja Podlesek, Melita Puklek Levpušček, Alenka Gril, Ciril Bohak, Alenka Kavčič, Žiga Lesar, Matija Marolt, Matevž Pesek, Bojana Boh Podgornik, Aleš Hladnik, Cirila Peklaj, et al. Preverjanje instrumentov za ugotavljanje individualnih razlik pri samoregulaciji učenja, 2019 : pilotna raziskava [podatkovna datoteka]. Ljubljana: Fakulteta za družbene vede, Arhiv družboslovnih podatkov, 2022.
- Projekt: J5-9437: “Učinkovitost različnih vrst učnih opor pri samoregulaciji e-učenja” (financer: ARRS/ARIS).
- DOI: 10.17898/ADP_IRSUP19_V1
@misc{ADP_IRSUP19_V1,
author = {Depolli Steiner, Katja and Komidar, Luka and Pe\v{c}jak, Sonja and Pirc, Tina and Podlesek, Anja and Puklek Levpu\v{s}\v{c}ek, Melita and Gril, Alenka and Bohak, Ciril and Kav\v{c}ič, Alenka and Lesar, \v{Z}iga and Marolt, Matija and Pesek, Matev\v{z} and Boh Podgornik, Bojana and Hladnik, Ale\v{s} and Peklaj, Cirila},
title = {Preverjanje instrumentov za ugotavljanje individualnih razlik pri samoregulaciji u\v{c}enja, 2019 : pilotna raziskava [podatkovna datoteka]},
year = {2022},
publisher = {Ljubljana: Fakulteta za dru\v{z}bene vede, Arhiv dru\v{z}boslovnih podatkov},
doi = {10.17898/ADP_IRSUP19_V1},
url = {https://doi.org/10.17898/ADP_IRSUP19_V1}
}Probabilistic Segmentation of Folk Music Recordings - Dataset (MPiE)
Referenčna podatkovna zbirka, namenjena vrednotenju metod verjetnostne segmentacije na terenskih posnetkih slovenske ljudske glasbe.
- Pripadajoča objava: Ciril Bohak, Gregor Strle, Matija Marolt. Probabilistic segmentation of folk music recordings - dataset (MPiE). Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2016.
@misc{mpie_bohak_2016,
author = {Bohak, Ciril and Strle, Gregor and Marolt, Matija},
title = {Probabilistic segmentation of folk music recordings - dataset (MPiE)},
year = {2016},
publisher = {Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko},
url = {http://lgm.fri.uni-lj.si/ciril/mpie-bohak-2016/}
}Transcription of Folk Music - Dataset (JAES)
Referenčna podatkovna zbirka za raziskave s področja transkripcije ljudske glasbe, ki vsebuje označene zvočne posnetke slovenskih ljudskih pesmi.
- Pripadajoča objava: Ciril Bohak, Gregor Strle, Matija Marolt. Transcription of folk music - dataset (JAES). Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2015.
@misc{jaes_bohak_2015,
author = {Bohak, Ciril and Strle, Gregor and Marolt, Matija},
title = {Transcription of folk music - dataset (JAES)},
year = {2015},
publisher = {Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko},
url = {http://lgm.fri.uni-lj.si/ciril/jaes-dataset/}
}UterUS
Koda in spletna orodja, razvita za samodejno segmentacijo in klinične meritve oblik maternice iz 3D ultrazvočnih podatkov.
- Koda: GitHub repozitorij
- Pripadajoča objava: Gergolet, M., Nicolì, P., Vrtačnik-Bokal, E., Verdenik, I., Di Spiezio Sardo, A., Zizolfi, B., Xholly, A., Cagnacci, A., Scovazzi, U., Arena, A., Casadio, P., Sorgente, G., Gergolet, M., Boneš, E., Marolt, M., Lesar, Ž., Bohak, C., & others (2026). Defining the “normal uterus” by ultrasound measurement of uterine lengths, thicknesses, and angles in a population of nulliparous women : the normal uterus assessment study. Fertility and sterility, vol. 125(iss. 1), str. 127-136.
@article{COBISS.SI-ID:248313859,
author = {Gergolet, Marco and Nicol\`{i}, Pierpaolo and Vrta\v{c}nik-Bokal, Eda and Verdenik, Ivan and Di Spiezio Sardo, Attilio and Zizolfi, Brunella and Xholly, Anjeza and Cagnacci, Angelo and Scovazzi, Umberto and Arena, Alessandro and Casadio, Paolo and Sorgente, Giuseppe and Gergolet, Martina and Bone\v{s}, Eva and Marolt, Matija and Lesar, \v{Z}iga and Bohak, Ciril},
title = {Defining the ``normal uterus'' by ultrasound measurement of uterine lengths, thicknesses, and angles in a population of nulliparous women : the normal uterus assessment study},
journal = {Fertility and sterility},
year = {2026},
volume = {vol. 125},
number = {iss. 1},
pages = {str. 127-136},
doi = {10.1016/j.fertnstert.2025.07.1220},
}Spletne aplikacije in interaktivna orodja
Volumetric Path Tracing - VPT
Volumetric Path Tracing (VPT) je program za fizikalno pravilno prostorninsko upodabljanje (path tracing), ki omogoča tekoče interaktivno spletno raziskovanje volumetričnih podatkov neposredno v spletnih brskalnikih na namiznih in mobilnih napravah.
Spletna predstavitev: VPT predstavitvena stran
Koda (prvotna različica WebGL 2.0): GitHub repozitorij
Koda (reimplementacija v WebGPU): GitHub repozitorij (ponovna implementacija upodabljalnika s sledenjem poti v tehnologiji WebGPU)
Koda (zmanjševanje razsežnosti in gručenje HDBSCAN): GitHub repozitorij
Koda (spektralno upodabljanje prostornin): GitHub repozitorij (pripadajoča objava: Diskretizirano spektralno upodabljanje volumetričnih podatkov)
Koda (zvezno spektralno upodabljanje prostornin): GitHub repozitorij (pripadajoča objava: Contiuous spectral volume rendering)
Koda (cenilniki gostote svetlobnega toka z ničelnimi trki): GitHub repozitorij (pripadajoča objava: Comparison of null-collision radiance estimators in light transport)
Pripadajoče objave:
- Lesar, Z., Bohak, C., & Marolt, M. (2018). Real-time interactive platform-agnostic volumetric path tracing in webGL 2.0. In Proceedings of the 23rd International ACM Conference on 3D Web Technology, Web3D 2018, Pozna'n, Poland, June 20-22, 2018 (pp. 7:1--7:7).
@inproceedings{DBLP:conf/vrml/LesarBM18, author = {Ziga Lesar and Ciril Bohak and Matija Marolt}, editor = {Krzysztof Walczak and Gabriel Zachmann and Jakub Flotynski and Kiyoshi Kiyokawa and Daniel Thalmann}, title = {Real-time interactive platform-agnostic volumetric path tracing in webGL 2.0}, booktitle = {Proceedings of the 23rd International ACM Conference on 3D Web Technology, Web3D 2018, Pozna\'n, Poland, June 20-22, 2018}, pages = {7:1--7:7}, publisher = {ACM}, year = {2018}, url = {https://doi.org/10.1145/3208806.3208814}, doi = {10.1145/3208806.3208814}, timestamp = {Sun, 19 Jan 2025 00:00:00 +0100}, biburl = {https://dblp.org/rec/conf/vrml/LesarBM18.bib}, bibsource = {dblp computer science bibliography, https://dblp.org}, address = {New York}, pdf = {https://lgm.fri.uni-lj.si/wp-content/uploads/2018/07/1537821891.pdf}, } - Kurtagić, A., Marolt, M., Lesar, Ž., & Bohak, C. (2024). Contiuous spectral volume rendering. In Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd International Electrotechnical and Computer Science Conference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26. - 27. september 2024 (pp. str. 411-414).
@inproceedings{COBISS.SI-ID:209253379, author = {Kurtagić, Alen and Marolt, Matija and Lesar, Žiga and Bohak, Ciril}, title = {Contiuous spectral volume rendering}, booktitle = {Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd International Electrotechnical and Computer Science Conference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26. - 27. september 2024}, publisher = {Slovenska sekcija IEEE, Fakulteta za elektrotehniko}, year = {2024}, editor = {Žemva, Andrej and Trost, Andrej}, series = {Zbornik ... Elektrotehniške in računalniške konference (Online), 33}, pages = {str. 411-414}, address = {Ljubljana}, } - Jezeršek, J., Marolt, M., Lesar, Ž., & Bohak, C. (2024). Diskretizirano spektralno upodabljanje volumetričnih podatkov. In Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd International Electrotechnical and Computer Science Conference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26. - 27. september 2024 (pp. str. 415-418).
@inproceedings{COBISS.SI-ID:209249539, author = {Jezeršek, Jernej and Marolt, Matija and Lesar, Žiga and Bohak, Ciril}, title = {Diskretizirano spektralno upodabljanje volumetričnih podatkov}, booktitle = {Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd International Electrotechnical and Computer Science Conference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26. - 27. september 2024}, publisher = {Slovenska sekcija IEEE, Fakulteta za elektrotehniko}, year = {2024}, editor = {Žemva, Andrej and Trost, Andrej}, series = {Zbornik ... Elektrotehniške in računalniške konference (Online), 33}, pages = {str. 415-418}, address = {Ljubljana}, } - Colnar, B., Marolt, M., Bohak, C., & Lesar, Ž. (2024). Comparison of null-collision radiance estimators in light transport. In Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd International Electrotechnical and Computer Science Conference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26. - 27. september 2024 (pp. str. 419-422).
@inproceedings{COBISS.SI-ID:209246723, author = {Colnar, Brin and Marolt, Matija and Bohak, Ciril and Lesar, Žiga}, title = {Comparison of null-collision radiance estimators in light transport}, booktitle = {Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd International Electrotechnical and Computer Science Conference ERK 2024 : Portorož, Slovenija, 26. - 27. september 2024}, publisher = {Slovenska sekcija IEEE, Fakulteta za elektrotehniko}, year = {2024}, editor = {Žemva, Andrej and Trost, Andrej}, series = {Zbornik ... Elektrotehniške in računalniške konference (Online), 33}, pages = {str. 419-422}, address = {Ljubljana}, }
VolWeb: Spletni upodabljalnik prostornin WebGPU
VolWeb je spletni upodabljalnik prostorninskih podatkov, zasnovan na tehnologijah WebGPU in WebAssembly (WASM), ki omogoča vizualizacijo večkanalnih volumetričnih podatkov. Sistem uporablja sledenje žarkom na grafični kartici (GPU ray casting), dopolnjeno z lokalno senčno okluzijo (ambient occlusion) in mehkimi sencami za tekočo in kakovostno interaktivno vizualizacijo neposredno v brskalniku.
- Spletna predstavitev: nano-oetzi-webgpu Demo
- Koda: GitHub repozitorij
- Pripadajoča objava: Nguyen, N., Bohak, C., Engel, D., Mindek, P., Strnad, O., Wonka, P., Li, S., Ropinski, T., & Viola, I. (2023). Finding Nano-Ötzi : cryo-electron tomography visualization guided by learned segmentation. IEEE transactions on visualization and computer graphics, vol. 29(no. 10), str. 4198-4214.
@article{COBISS.SI-ID:112947459,
author = {Nguyen, Ngan and Bohak, Ciril and Engel, Dominik and Mindek, Peter and Strnad, Ond\v{r}ej and Wonka, Peter and Li, Sai and Ropinski, Timo and Viola, Ivan},
title = {Finding Nano-\"{O}tzi : cryo-electron tomography visualization guided by learned segmentation},
journal = {IEEE transactions on visualization and computer graphics},
year = {2023},
volume = {vol. 29},
number = {no. 10},
pages = {str. 4198-4214},
doi = {10.1109/TVCG.2022.3186146},
}Študijska in učna gradiva
3D modeliranje z orodjem Blender
Študijsko gradivo, vaje in modeli, ki študente uvajajo v potek dela v 3D modeliranju, osvetljevanju, materialih in animaciji z odprtokodnim programom Blender.
- Poučevanje: Računalniško podprto oblikovanje II
- Neposredni prenos gradiva (PDF):
3D modeliranje z orodjem Autodesk Maya
Uvodna gradiva in vaje za program Autodesk Maya, ki pokrivajo poligonsko modeliranje, animacijo, pripravo skeletov (rigging) in upodabljanje.
- Neposredni prenos gradiva (PDF):
Odprtokodna programska oprema
RenderCore
RenderCore je sodoben upodabljalnik 3D, zasnovan na tehnologiji WebGPU in namenjen poganjanju sistema ROOT-EVE, kar omogoča tekočo vizualizacijo rekonstrukcij fizikalnih dogodkov neposredno v brskalniku.
- Koda: GitHub repozitorij
- Pripadajoča objava: Bohak, C., Kovalskyi, D., Linev, S., Mrak Tadel, A., Strban, S., Tadel, M., & Yagil, A. (2023). RenderCore – a new WebGPU-based rendering engine for ROOT-EVE. CoRR, abs/2312.11729, str. 1-8.
@inproceedings{COBISS.SI-ID:185884931,
author = {Bohak, Ciril and Kovalskyi, Dmytro and Linev, Sergey & Mrak Tadel, Alja & Strban, Sebastien & Tadel, Matev\v{z} & Yagil, Avi},
title = {RenderCore -- a new WebGPU-based rendering engine for ROOT-EVE},
booktitle = {CHEP 2023 : 26 International Conference on Computing in High Energy \& Nuclear Physics : Norfolk, Virginia, USA, May 8-12, 2023},
publisher = {Thomas Jefferson National Accelerator Facility},
year = {2023},
pages = {str. 1-8},
address = {Newport News (VA)},
journal = {CoRR},
volume = {abs/2312.11729},
url = {https://doi.org/10.48550/arXiv.2312.11729},
doi = {10.48550/ARXIV.2312.11729},
}NERVIS
NERVIS (Named Entity Relations Visualisation and Interaction System) je spletno orodje za grafično raziskovanje, vizualizacijo in urejanje odnosov med imenovanimi entitetami, pridobljenimi iz besedilnih dokumentov.
- Koda: GitHub repozitorij
- Pripadajoča objava: Šmajdek, U. & Bohak, C. (2025). NERVIS : an interactive system for graph-based exploration and editing of named entities. CoRR, abs/2510.04971, str. 147-156.
@inproceedings{COBISS.SI-ID:267601923,
author = {\v{S}majdek, Uro\v{s} and Bohak, Ciril},
title = {NERVIS : an interactive system for graph-based exploration and editing of named entities},
booktitle = {HCI SI Koper 2025 : proceedings of the 10th Human-Computer Interaction Slovenia Conference},
publisher = {University of Primorska Press},
year = {2025},
pages = {str. 147-156},
address = {Koper},
doi = {10.26493/978-961-293-559-7.14},
url = {https://doi.org/10.48550/arXiv.2510.04971},
}WebGL Examples
Zbirka interaktivnih spletnih primerov za predstavitev osnovnih konceptov računalniške grafike, senčilnikov (shaders) in tehnik upodabljanja za študente in programerje.
- Koda: GitHub repozitorij
Blocky Volume Package
Blocky Volume Package (BVP) je spletu prijazen format za shranjevanje, prenos in stiskanje volumetričnih podatkov, ki omogoča hitro prenašanje in neposredno upodabljanje prostornin s sledenjem žarkov v spletnih brskalnikih.
- Koda: GitHub repozitorij
- Pripadajoča objava: Lesar, Ž., Bohak, C., & Marolt, M. (2023). Blocky volume package : a web-friendly volume storage and compression solution. In WSCG 2023 : proceedings (pp. str. 213-221).
@inproceedings{COBISS.SI-ID:159754755,
author = {Lesar, \v{Z}iga and Bohak, Ciril and Marolt, Matija},
title = {Blocky volume package : a web-friendly volume storage and compression solution},
booktitle = {WSCG 2023 : 31. International Conference in Central Europe on Computer Graphics, Visualization and Computer Vision : proceedings},
publisher = {Vaclav Skala - UNION Agency},
year = {2023},
pages = {str. 213-221},
address = {Plzen},
doi = {10.24132/CSRN.3301.25},
}NN-Based Volume Compression
Raziskovalni repozitorij za vrednotenje stiskanja volumetričnih podatkov s pomočjo nevronskih mrež za učinkovit prenos in dekodiranje na grafični kartici (GPU).
- Koda: GitHub repozitorij
- Pripadajoča objava: Kristan, A., Marolt, M., Bohak, C., & Lesar, Ž. (2024). Neural-network-based volume compression. In Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd ERK 2024 (pp. str. 452-455).
@inproceedings{COBISS.SI-ID:209238275,
author = {Kristan, An\v{z}e and Marolt, Matija and Bohak, Ciril and Lesar, \v{Z}iga},
title = {Neural-network-based volume compression},
booktitle = {Zbornik triintridesete mednarodne Elektrotehniške in računalniške konference ERK 2024 = Proceedings of the 33rd International Electrotechnical and Computer Science Conference ERK 2024},
publisher = {Slovenska sekcija IEEE, Fakulteta za elektrotehniko},
year = {2024},
pages = {str. 452-455},
address = {Ljubljana},
}Laban Visualizer
Spletni vizualizator plesa na podlagi Labanove notacije (Labanotation), prenesen v sodoben JavaScript. Omogoča animacijo in vizualizacijo plesnih gibov iz zapisov Labanove notacije.
- Koda: GitHub repozitorij